Koronavírus - Együtt vizsgálja az SZTE és a PTE a Covid-19 genetikai vonatkozásait
A koronavírus okozta betegség lefolyásának genetikai hátterét vizsgálja ezer páciens bevonásával a szegedi és a pécsi egyetem - tájékoztatta a Szegedi Tudományegyetem (SZTE) közkapcsolati igazgatósága csütörtökön az MTI-t.
A két egyetem kutatói áprilisban állítottak össze egy olyan projekttervet, amelyben nagyon részletesen leírták, milyen metódus, milyen beválogatás és kizárási kritériumok mellett fognak mintát gyűjteni ezer betegtől, és milyen módszerekkel dolgozzák fel azokat. Feltételezték: kell, hogy legyenek olyan genetikailag megalapozott okok, amelyek ezeknél a fiatal, társbetegség nélküli fertőzötteknél hozzájárulnak a súlyos lefolyás kialakulásához.
Gyanú esetén garatkaparékból mintát vesznek, majd PCR-vizsgálattal igazolják a fertőzést. Az igazolt fertőzöttektől a kutatók ezt követően még egyszer vesznek mintát, hogy meghatározzák a vírus genomját. A vírus izolált nukleinsavját elhelyezik a szegedi egyetem biobankjában - ez részét képezi a tanulmány során kialakított mintakollekciónak - a szekvencia meghatározását pedig a PTE-n Gyenesei Attila és kutatócsoportja végzi.
A pácienstől vett vérből meghatározzák, milyen immunválaszt ad a beteg szervezete a fertőzésre. A szakemberek a vérminta elemzésével következtetnek arra is, hogyan változik meg a beteg génexpressziós profilja a fertőzés hatására, vagyis mely gének aktiválódnak és melyek hallgatnak el, és milyen mértékben a fertőzés hatására. Emellett minden egyes beteg esetében meghatározzák a páciens több mint húszezer fehérjét kódoló génjének teljes szekvenciáját is.
A kutatók ezzel a nagyléptékű vizsgálattal és szekvencia-összehasonlítással - amelyekhez referencia genomokat használnak - azt remélik, tudnak majd azonosítani olyan géneket és a géneken belül olyan variánsokat, amelyek örökletesek, és amelyek feltételezésük szerint meghatározzák vagy befolyásolják a betegség lefolyását a fertőzést követően.
A közleményben idézik Széll Márta molekuláris biológust, az SZTE Orvosi Genetikai Intézetének vezetőjét, aki kifejti: a program során olyan adatbázist hoznak létre, amely tartalmazza a kutatásba bevont ezer ember kórelőzményeit, betegségük lefolyásának minden egyes paraméterét, s ehhez kapcsolódva a páciensek mintakollekciót is. A kutatáshoz az SZTE-n már meglévő biobanki tevékenység adja a hátteret.
Pécsett történik a levett minták laboratóriumi feldolgozása és a genetikai állomány szekvenálása. Ezeket az analíziseket a két egyetem közösen végzi, mivel mindkét felsőoktatási intézmény komoly tapasztalattal rendelkezik akár a humán, illetve vírusgenomikai adatok feldolgozásában, valamint a génexpressziós változások elemzésében és értékelésében is.
A kutatási program két lépcsőben zajlik: előbb kétszáz beteg mintáit elemzik 2021 első feléig, majd meghatározzák, hogy a további 800 páciens adatait milyen mélységben, és milyen irányokra fókuszálva vizsgálják.
